Nhiều năm nay, việc tuyển sinh vào lớp 6 trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa là một trong những kỳ tuyển sinh căng thẳng nhất của khối THCS tại TP. Hồ Chí Minh. Là mô hình trường THCS công lập nằm trong trường THPT chuyên, mỗi năm số học sinh đăng ký xét tuyển lớp 6 lên đến gần 4.000 hồ sơ, trong khi chỉ tiêu tuyển sinh chỉ khoảng 500 em. Chất lượng đào tạo cùng với mô hình giáo dục tiên tiến hội nhập quốc tế thu hút rất nhiều phụ huynh học sinh. Để được xét tuyển vào trường, học sinh phải trải qua bài kiểm tra đánh giá năng lực gắt gao, nhiều gia đình cho con ôn luyện khoa học, ngoại ngữ từ lớp 4.
