Khác với CLB Hà Nội được thi đấu ở giải đấu tầm châu Á, CLB TP.Hồ Chí Minh lại trải qua 1 giai đoạn khó khăn. Trận thua Becamex Bình Dương khiến đội bóng bị loại khỏi cúp quốc gia, và đây cũng là màn ra mắt không thành công của HLV Phùng Thanh Phương