Theo kết quả kiểm tra của Bộ Tài nguyên và Môi trường cùng với tỉnh Bắc Ninh, Bắc Giang, nguyên nhân chính gây ra ô nhiễm sông Cầu tại các đoạn giáp ranh giữa tỉnh Bắc Ninh và Bắc Giang là do nước thải từ các cơ sở công nghiệp tại làng nghề giấy Phong Khê và cụm công nghiệp Phú Lâm, huyện Tiên Du đã xả nước thải chưa qua xử lý ra sông Ngũ Huyện Khê và từ đây nước thải cứ thế chảy thẳng vào dòng sông Cầu.
