Sau gần 2 tháng áp dụng "luồng xanh" vận tải, các hiện tượng tiêu cực đã nảy sinh khi nhiều đối tượng lợi dụng "luồng xanh" để trục lợi, nhiều tỉnh bị nêu đích danh do phát sinh giấy phép con làm khó lưu thông hàng hóa. Thực tế này đã và đang tiếp tục được các cơ quan chức năng tháo gỡ, tuy nhiên có những vướng mắc vẫn còn tồn tại ngay trong quy định về cấp thẻ "luồng xanh" đang gây khó cho nhiều doanh nghiệp khi có các đơn hàng đột xuất cần vận chuyển.
