Công tác kiểm tra Doping là mảng quan trọng, chỉ đứng sau việc thi đấu trong tất cả các đại hội thể thao. Tại SEA Games thì công tác này được đặt dưới sự kiểm soát của Liên đoàn thể thao Đông Nam Á, Tổ chức phòng chống doping Đông Nam Á và phải theo đúng Luật của Tổ chức phòng chống Doping thế giới WADA.
