Chạy Án phần 2 bóc trần mạng lưới làm ăn phi pháp và hối lộ của nhiều cá nhân, tổ chức, trung tâm là công ty của giám đốc Lê Thanh. Cuộc bắt giữ Lê Thanh hé lộ rất nhiều nhân vật bị vướng vào vòng lao lý, trong đó có ông Đức, ông Cẩm (thiếu trách nhiệm trong hành vi nhận hối lộ của Trần Đức), Thượng tá Kim (do móc nối với Lê Thanh), Mã "đại gia", chủ tịch tỉnh, và Tổng biên tập Trần Ngọc. Vụ chạy án giả điên của Lâm cũng bị làm sáng tỏ. Bộ phim kết thúc với cảnh Lâm bị nghiện ngập ma túy, hại chết ông mình và rồi cơn ảo ảnh làm cậu ngã từ tầng hai từ căn biệt thự nhà mình xuống đất chết.
